2016, Cilt 32, Sayı 1, Sayfa(lar) 015-021
Koyun dışkısından metagenomik DNA izolasyonu ve bazı rumen bakterilerinin varlığının PZR ile tespit edilmesi
Arif Yavuz, Dilek Özgün Ekiz, İlhami Kenger, Uğur Çömlekcioğlu
Department of Biology, Faculty of Science and Letters, University of Kahramanmaraş Sütçü İmam, Kahramanmaraş, Turkey
Anahtar Sözcükler: Ruminant, rumen bakterisi, metagenomik DNA, PZR
Görüntülenme Sayısı:1131 - İndirilme Sayısı: 768

Amaç: Bu çalışmanın amacı taze ve kuru koyun dışkısından metagenomik DNA'nın izolasyonunu yapmak ve spesifik primerler kullanarak çeşitli rumen bakterilerini tespit etmektir.

Gereç ve Yöntem: Metagenomik DNA izolasyonu ticari I-Genomic Dışkı DNA izolasyon kiti kullanılarak gerçekleştirildi. Anaerovibrio lipolytica, Fibrobacter succinogenes, Prevotella bryantii, Prevotella ruminicola, Ruminobacter amylophilus, Ruminococcus albus, Ruminococcus flavefaciens, Streptococcus bovis, Selenomonas ruminantium ve Succinovibrio dextrinosolvens spesifik primerler ile metagenomik DNA kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu yardımıyla tarandı. R. amylophilus, R. albus ve S. dextrinosolvens yokluğunu doğrulamak için 16S rRNA bölgesinin SphI ile reaksiyonu gerçekleştirildi.

Bulgular: Dışkı örnekleri hızlıca kurutuldu ve yaş ağırlığının %53.72'si kaybettirildi. Taze ve kuru örneklerdeki DNA izolasyonlarından sonra DNA konsantrasyonları ve saflığı sırasıyla 25.60-59.50 ng/μL ve 1.72-1.90 arasında değiştiği belirlendi. Dışkıdaki inhibitörlerin PZR üzerinde etkisinin olmadığı görüldü. A. lipolytica, F. succinogenes, P. bryantii, P. ruminicola, R. flavefaciens, S. bovis ve S. ruminantium spesifik primerler ile tespit edildi, fakat PCR ile R. amylophilus, R. albus ve S. dextrinosolvens varlığına rastlanılmadı. 16S rRNA bölgesinin SphI ile kesimi bu sonucu doğruladı.

Öneriler: Bu çalışma, doğal şartlarda kurumanın dışkı örneklerinden metagenomik DNA izolasyonu üzerine etkilerini tanımlamıştır. Ayrıca, izole edilen DNA kullanılarak çeşitli rumen bakterilerinin tespiti gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak kurumuş dışkıdan izole edilen metagenomik DNA'nın bakteri populasyonlarının belirlenmesinde kullanılabileceği ifade edilebilir.