2020, Cilt 36, Sayı 4, Sayfa(lar) 058-060
SARS CoV-2'nin (COVID-19) biyoinformatik destekli identifikasyonu
Mehmet Özkan Timurkan, Hakan Aydın
Atatürk Üniversitesi Veteriner Fakültesi Viroloji Anabilim Dalı, Erzurum, Türkiye
Anahtar Sözcükler: Coronavirus, Covid-19, pandemi
Görüntülenme Sayısı:95 - İndirilme Sayısı: 88

Keşfedilen coronavirusların sayısındaki büyük artış ve sekanslanan coronavirus genomları, bu virus ailesi üzerinde genomik ve biyoinformatik analizler yapmak için bize eşi görülmemiş bir fırsat vermiştir. Coronaviruslar, bilinen tüm RNA virusları arasında en büyük genoma sahip (yaklaşık 30 kb) ailelerden biridir. Virusun çeşitli genleri (ORF1ab, spike, zarf, membran ve nükleokapsid) bulunmaktadır. Ayrıca filogenetik olarak A, B, C ve D alt gruplarından oluşan Betacoronavirus ile birlikte Coronaviridae ailesi dört cinsten oluşmaktadır (Alfacoronavirus, Beta-, Gamma- ve Delta-). Coronavirusların çeşitli gen lokusları kullanılarak yapılan moleküler yapısal analizde, 2003 SARS coronavirusun atası olan virusla 4x10-4 ile 2x10-2 arasında bir oranla her yıl değişim geçirdiğini göstermiştir. Coronaviruslar ayrıca rekombinasyona açık viruslardır. Farklı murine hepatitis viruslar (MHV) arasında, farklı infectious bronchitis viruslar arasında, MHV ve bovine coronaviruslar arasında, feline coronavirus (FCoV) tip 1 ve canine coronavirus arasında ve insan coronavirusları arasında bu mutasyon tipi bildirilmiştir. Dolayısıyla mutasyonlara ve değişimlere çok açık olan bir organizma olan virusların sürekli değişen etkileşimlerini incelemek ve anlamak için biyoinformatik analizlere ve sonunda çıkan raporlarla virusların tanımlanmalarına ihtiyaç vardır. Bu derlemede, coronavirus biyoinformatiğinin az bilinen ama araştırmaya muhtaç mevcut ilerlemeleri vurguladık ve gelecekteki gelişmeler için potansiyel yolları tartıştık. Çok kullanılan ve mevcut olan teknolojilere genel bir bakış sunulmuş, SARS CoV-2 özelinde biyoinformatiğin viroloji alanına getireceği bazı önemli avantajlar ve dezavantajlar özetlenmiştir.