2020, Cilt 36, Sayı 5, Sayfa(lar) 058-060 |
[ İngilizce Özet ] [ PDF ] [ Benzer Makaleler ] |
SARS CoV-2'nin (COVID-19) biyoinformatik destekli identifikasyonu |
Mehmet Özkan Timurkan, Hakan Aydın |
Atatürk Üniversitesi Veteriner Fakültesi Viroloji Anabilim Dalı, Erzurum, Türkiye |
Anahtar Sözcükler: Coronavirus, Covid-19, pandemi |
Görüntülenme Sayısı:2425 - İndirilme Sayısı: 933 |
Keşfedilen coronavirusların sayısındaki büyük artış ve sekanslanan
coronavirus genomları, bu virus ailesi üzerinde genomik ve biyoinformatik
analizler yapmak için bize eşi görülmemiş bir fırsat vermiştir.
Coronaviruslar, bilinen tüm RNA virusları arasında en büyük
genoma sahip (yaklaşık 30 kb) ailelerden biridir. Virusun çeşitli genleri
(ORF1ab, spike, zarf, membran ve nükleokapsid) bulunmaktadır.
Ayrıca filogenetik olarak A, B, C ve D alt gruplarından oluşan Betacoronavirus
ile birlikte Coronaviridae ailesi dört cinsten oluşmaktadır
(Alfacoronavirus, Beta-, Gamma- ve Delta-). Coronavirusların çeşitli
gen lokusları kullanılarak yapılan moleküler yapısal analizde, 2003
SARS coronavirusun atası olan virusla 4x10-4 ile 2x10-2 arasında bir
oranla her yıl değişim geçirdiğini göstermiştir. Coronaviruslar ayrıca
rekombinasyona açık viruslardır. Farklı murine hepatitis viruslar
(MHV) arasında, farklı infectious bronchitis viruslar arasında, MHV
ve bovine coronaviruslar arasında, feline coronavirus (FCoV) tip 1
ve canine coronavirus arasında ve insan coronavirusları arasında
bu mutasyon tipi bildirilmiştir. Dolayısıyla mutasyonlara ve değişimlere
çok açık olan bir organizma olan virusların sürekli değişen
etkileşimlerini incelemek ve anlamak için biyoinformatik analizlere
ve sonunda çıkan raporlarla virusların tanımlanmalarına ihtiyaç
vardır. Bu derlemede, coronavirus biyoinformatiğinin az bilinen ama
araştırmaya muhtaç mevcut ilerlemeleri vurguladık ve gelecekteki
gelişmeler için potansiyel yolları tartıştık. Çok kullanılan ve mevcut
olan teknolojilere genel bir bakış sunulmuş, SARS CoV-2 özelinde biyoinformatiğin
viroloji alanına getireceği bazı önemli avantajlar ve
dezavantajlar özetlenmiştir.
|
[ İngilizce Özet ] [ PDF ] [ Benzer Makaleler ] |